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O primeiro passo junto na implantação do SGC é fazer um levantamento, de quais seriam departamentos em que serão apropriados os custos, a estrutura administrativa deve ser ponto de partida até se chegar á relação final. No software o cadastro de centro de custos permite identificar se o mesmo é de apoio ou finalístico.
Centro de custo de apoio: São aqueles relacionados com as atividades de natureza administrativa da entidade e os
Centro de custos finalísticos: São aqueles ralacionados aos objetivos principais da instituição.
Cada um dos sistemas organizacionais possui um cadastro de locais administrativos para atender às suas necessidades específicas. Na folha de pagamento é denominada local de trabalho, no patrimônio é subunidades, no almoxarifado e contabilidade é chamado de centro de custos, mas todos os cadastros variam na descrição e em quantidade. Sendo assim é necessário criar um “De para” de cada centro administrativo dos sistemas organizacionais para o cadastro de centros de custos do sistema de custos.